整体布局是：以正对山门的三元殿为中心，坐北朝南；殿前拜廊东西连接钟鼓楼，殿后为老君殿；两侧自南而北，东为旧祖堂、斋堂、客堂、吕祖殿，西有钵堂、新祖堂、鲍姑殿等建筑。各殿堂建筑总面积约2000平方米。三元宫主殿三元殿宽20.27米，深16.85米，建在北面高一级的石台基上，与钟、鼓楼和拜廊连成一片。

三元宫始建于明末清初，位于大长山岛三官庙村，后来被毁。现在的三元宫是由华龙企业投资修建的，为辽南地区最大的道家宫观。道家正式形成于东汉后期，距今已有近2000年的历史，是中国土生土长的宗教，道教的创始人为老子，著有五千言《道德经》。三元宫为仿古式建筑，分前、中、后三进院。三元宫的"三元"是根据上关日赐福、地关日消灾、水关日解祸而来。

来到庙门前，首先看到的是高有5米的宝鼎。前院中间是观音殿，供奉着圣观音、吉祥观音、杨枝观音等众位神仙;东侧是关帝殿，供奉着关圣帝君关羽，因关帝站姿为护法、坐姿为财神，此殿又称为财神殿;八仙殿供奉着传说中的救苦救难、点化凡人的八位神仙;三宵殿供着琼宵娘娘、云宵娘娘、碧宵娘娘;药王殿供奉着药王孙思邈和中国古时历代名医;龙王殿供奉着海龙王;马祖殿内供奉着马老祖师。中院东侧有娘娘殿，殿内供奉着海神娘娘、厚土娘娘、女娲娘娘。后院的三清殿供奉着道教最高尊神元始天尊，这里也是道士们诵经的圣殿;三皇殿供奉着伏羲、黄帝、神农三位华夏民族的祖先;三星殿供奉着福、禄、寿三位神仙;藏经阁位于三元宫的最高处，是欣赏海岛风光的最好去处。每天清晨6时，在镇区内都能听到从三元宫的钟楼里传出低沉而有力的钟声。到三元宫来，不仅可以重温祖国传统文化的博大精深，还可以居高临下，欣赏海岛和大海的迷人景色。

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